昆山出入境检验检疫局是国家出入境检验检疫部门设在昆山的分支机构，根据《中华人民共和国进出口商品检验法》、《中华人民共和国进出境动植物检疫法》、《中华人民共和国国境卫生检疫法》、《中华人民共和国食品卫生法》等法律法规的规定，行使国家出入境检验检疫管理权，并对昆山地区的出入境货物、交通运输工具、出入境人员等实施检验检疫。

主要职能包括：

1、贯彻执行出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验法律、法规和政策规定的实施细则、办法及工作规程，负责所辖区域的出入境检验检疫、鉴定、认证和监督管理等行政执法工作；

2、负责实施出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监督，负责口岸传染病的预防与控制工作，负责出入境人员的预防接种、健康体检和传染病监测工作；

3、负责实施出入境动植物及其产品和其它检疫物的检验检疫与监督管理，负责动植物疫情监测、调查等工作，实施动植物疫情的紧急预防措施；

4、负责实施进出口商品（含食品）的法定检验和监督管理，负责实施一般包装和出口危险品货物包装检验，负责进出口商品鉴定工作，负责实施外商投资财产鉴定；

5、负责实施对进出口食品、动植物及其产品等的生产（养殖、种植）、加工和存放等单位的卫生、检疫注册，负责实施进口安全质量许可和出口质量许可工作；

6、负责实施国家实行进口许可制度的民用商品的入境验证，负责出口、转口商品的有关出境验证；

7、负责实施出入境交通运载工具和集装箱及容器的卫生监督、检疫监督和有关的适载检验、鉴定，负责出入境交通运载工具、集装箱、包装物及铺垫材料和货物的卫生除害处理的管理工作；

8、负责签发出入境检验检疫证单和标识、封识，并进行监督管理。负责出口商品普惠制原产地证和一般原产地证的签发工作；

9、负责人事管理、教育培训、外事、科技、财务、基建、物资管理、纪检监察、审计、精神文明建设与思想政治工作；